O Instituto desenvolve  análises qualitativas e quantitativas da comunidade biótica de ecossistemas aquáticos continentais (rios, lagos, represas e reservatórios). Os principais componentes da comunidade biótica analisados são:

- Fitoplâncton 

- Zooplâncton

- Macroinvertebrados Bentônicos

- Epilíton

- Macrófitas Aquáticas

     Para isso, o Instituto dispõe de um Laboratório de Microscopia com equipamentos altamente sofisticados: Microscópios Ópticos, Microscópios Ópticos com Captura de Imagens, Microscópios Estereoscópicos, Microscópio Invertido, Microscópio de Fluorescência e Microscópio com Câmara Clara.