A missão do IIE e do IIEGA é promover pesquisas científicas na área de recursos naturais com ênfase em recursos hídricos e bacias hidrográficas, assessorar municípios, estados, indústrias e iniciativa privada na gestão dos recursos naturais rumo a sustentabilidade, capacitar recursos humanos qualificados nessas áreas e apoiar políticas públicas e ações sociais necessárias para o desenvolvimento do Brasil.