O Instituto desenvolve análises qualitativas e quantitativas da comunidade biótica de ecossistemas aquáticos continentais (rios, lagos, represas e reservatórios). Os principais componentes da comunidade biótica analisados são:
- Fitoplâncton
- Zooplâncton
- Macroinvertebrados Bentônicos
- Epilíton
- Macrófitas Aquáticas
Para isso, o Instituto dispõe de um Laboratório de Microscopia com equipamentos altamente sofisticados: Microscópios Ópticos, Microscópios Ópticos com Captura de Imagens, Microscópios Estereoscópicos, Microscópio Invertido, Microscópio de Fluorescência e Microscópio com Câmara Clara.